گونه های مهاجم که به نام هایی مانند گونه های بیگانه نیز شناخته می شوند، گونه های غیر بومی یک اکوسیستم هستند که اکوسیستمی که در آن مستقر می شوند را به طور قابل توجهی تغییر می دهند و یا در آن اختلال ایجاد می کنند.
گونه های بیگانه ممکن است از راه مهاجرت طبیعی به مناطق جدید برسند اما اغلب در نتیجه فعالیت های گونه های دیگر به یک اکوسیستم معرفی می شوند. فعالیت های بشر از جمله فعالیت هایی که در زمینه تجارت در سطح بین المللی و تجارت حیوانات خانگی انجام می شوند از رایج ترین راه های انتقال گیاهان، جانوران، میکروب ها و موجودات دیگر به زیستگاه های جدید است.
بیشتر گونه های بیگانه در طولانی مدت نمی توانند در زیستگاه های جدید به حیاتشان ادامه دهند. دلیلش این است که از نظر تکاملی نمی توانند خودشان را با چالش های استقرار در محیط جدید سازگار کنند. اما ممکن است برخی از گونه های معرفی شده به یک اکوسیستم نسبت به گونه های بومی یک مزیت رقابتی پیدا کنند و در نتیجه تبدیل به گونه مهاجم شوند. در این شرایط، تازه واردان جمعیتی را پرورش می دهند و افزایش می یابند. به خصوص اگر اکوسیستمی که وارد آن می شوند فاقد شکارچیان طبیعی باشد که با آنها مقابله کنند و مانع افزایش آنها شوند.
وقتی چنین تهاجم هایی از سوی گونه های بیگانه انجام می گیرد، در اکوسیستمی که به آن وارد شده اند اختلال زیست محیطی به وجود می آید و اغلب تنوع زیستی آن اکوسیستم کاهش می یابد. این وضعیت باعث وارد آمدن آسیب های اقتصادی به افرادی می شود که به منابع زیستی آن اکوسیستم وابسته اند. ممکن است شکارچیان مهاجم آنقدر با اکوسیستم جدید سازگاری پیدا کنند که بتوانند طعمه های آن اکوسیستم را شکار کنند و جمعیت طعمه ها را در طول زمان در آن کاهش دهند. در نتیجه بسیاری از گونه های طعمه از اکوسیستم های آسیب دیده حذف می شوند.
سایر گونه های مهاجم هم ممکن است جلوی دستیابی گونه های بومی به غذا، فضای زندگی و یا منابع دیگر را بگیرند. با گذشت زمان این گونه های مهاجم به نحوی مؤثر جایگزین گونه های بومی می شوند و اغلب باعث انقراض بسیاری از گونه های بومی می شوند. گیاهان و جانوران مهاجم ممکن است به گسترش بیماری ها هم کمک کنند چراکه انگل ها و عوامل بیماری زایی دارند که باعث می شود به مناطقی که به آنها هجوم برده اند اختلال ایجاد کنند و آنها را مورد تاخت و تاز قرار دهند.
از سپیده دم حیات بر روی زمین، همواره گونه هایی مهاجرت کرده و در مناطق جدید مستقر شده اند. اما در برخی موارد گونه هایی که به زیستگاه های جدید مهاجرت کرده اند قادر به ایجاد جمعیت پایدار در این زیستگاه ها نبوده اند و به سرعت از بین رفته اند. در موارد دیگر، آنها در داخل ساختار موجود اکوسیستم گنجانده شده اند و با انجام رقابت با رقیبان بومی و یا با وارد کردن تلفات زیاد به طعمه های بومی، زنجیره غذایی بومی را تغییر داده اند.
یکی از مهم ترین تهاجم گونه ها در تاریخ زمین در طول عصر پلیوسن (5300000-2600000 سال قبل) و پس از تشکیل تنگه اتصال شمال و جنوب امریکا صورت گرفت. یعنی زمانی که گونه های متعدد درنده از شمال آمریکا به جنوب آمریکا مهاجرت کردند و تصور می شود که به انقراض بسیاری از گونه های پستانداران جنوب امریکا کمک کرده باشند.
از زمانی که انسان امروزی (هوموساپینس) بر روی زمین ظاهر شده، نقش روزافزونی در تهاجم گونه ها بازی کرده. چراکه انسان امروزی هرجا مستقر شده تمایل به تبدیل محیط طبیعی به محیط کشاورزی و شهری داشته. به این ترتیب انسان امروزی موفق ترین گونه مهاجم شناخته می شود. انسان ها در معرفی گونه های مختلف به مناطق جدید هم نقش قابل ملاحظه ای داشته اند. دهها هزار سال پیش، دسته های مهاجر انسانی با خود انگل ها، پاتوژن ها و جانوران اهلی شده را حمل می کردند. با ظهور تمدن، بسیاری از گیاهان و جانوران بیگانه را وارد اکوسیستم های دوردست کردند تا از آنها به عنوان حیوانات سیرک ها و باغات نیز استفاده شود.
اگر چه تاریخ جمع آوری و انتقال گونه های بیگانه به دوران باستان می گردد، اما رکورد اثرات زیست محیطی حاصل از این انتقال مربوط به چند قرن اخیر است. یکی از بهترین و شناخته شده ترین نمونه های گونه های بیگانه، موش نروژی یا قهوه ای است (Rattus norvegicus) است. اعتقاد بر این است که این جونده از شمال شرق چین منشأ گرفته و در سراسر جزایر اقیانوس آرام پخش شده باشد.
این موش ها در طول سفرهای اکتشافی اواخر قرن 18 و قرن 19به طور تصادفی به محیط های دیگر منتقل شدند و  در جزایر متعدد اقیانوس آرام، از جمله هاوایی و نیوزیلند دارای جمعیت شدند. آنها در آن جا بسیاری از پرندگان بومی، خزندگان کوچک و دوزیستان را شکار کردند.
برخی دیگر از جانوران در طول این مدت به عمد به محیط های دیگر معرفی شدند. این جانوران عبارت بودند از: سگ، گربه، خوک و سایر حیوانات اهلی که به سرزمین های جدید برده شدند و باعث انقراض بسیاری از گونه های دیگر در آنها شدند. از جمله این جانوران منقرض شده دودو (cucullatus Raphus) از جزایر موریس است که در سال 1681 منقرض شد.
برخی از گونه های معرفی شده به اکوسیستم ها در سطح جهانی توزیع می شوند. بیشتر این قبیل گونه ها در رده میکروب های بیماری زا هستند. به عنوان مثال اولین استعمارگران اروپایی، عوامل بیماری زای سرماخوردگی، آبله، بیماری های مقاربتی و ... را از مناطق خود و اقیانوسیه به سرزمین هایی که مردم هیچ مقاومتی در مقابل آنها نداشتند منتقل کردند. در اواخر دهه 1960 میلادی، برای نخستین بار زنجیره ای از ویروس های نقص ایمنی انسانی (HIV) که سبب بیماری ایدز شد، از آفریقا به هائیتی رفت. سپس ایدز در سراسر جهان پخش شد.
تجارت در سطح جهانی و قاچاق حیوانات خانگی اغلب باعث شیوع اتفاقی بیماری ها در میان گونه های دیگر می شود. chytridiomycosis که بیماری دوزیستان از جمله قورباغه ها است و همچنین آنفولانزای مرغی احتمالاً به همین طریق گسترش یافته اند.
بیشتر دانشمندان معتقدند که مؤثرترین راه برای خنثی کردن تهاجم گونه های بیگانه و کمک به حفاظت از تنوع زیستی، در وهله اول جلوگیری از معرفی گونه های جدید به یک اکوسیستم است. اگر چه تجارت در سطح بین المللی و سفر همچنان فرصت هایی را برای ارایه گونه های جدید فراهم می کند اما اکولوژیست ها می گویند دولت ها و شهروندان قدرت کاهش خطر انتشار موجودات بیگانه در محیط های جدید را دارند.
با بازرسی دقیق تر آن چه که در حمل و نقل بین المللی به بنادر وارد می شود می توان جلوی ورود حشرات، دانه ها و یا دیگر موجوداتی که مسافران قاچاق حمل می کنند را گرفت. برخی از کارشناسان محیط زیست و مقامات دولتی جریمه سنگین تر و حبس را برای جلوگیری از خرید، فروش و نقل و انتقال غیر قانونی حیوانات خانگی پیشنهاد می کنند.
با این حال کنترل روزافزون بنادر به تنهایی جلوی ورود گونه های بیگانه را نمی گیرد چراکه تغییرات آب و هوایی هم ممکن است فرصت های جدیدی به برخی از گونه های مهاجم بدهد. به عنوان مثال افزایش مداوم غلظت دی اکسید کربن جو، سوخت لازم برای فتوسنتز برخی از گیاهان را فراهم می کند.
به هر حال برخی اقدامات، همراه با برنامه های آموزشی به شهروندان، دانش و منابع لازم را برای مقابله با گیاهان، جانوران و گونه های دیگر بیگانه فراهم می کند و جلوی از دست رفتن بیشتر تنوع زیستی ناشی از تهاجم گونه های مهاجم را می گیرد.
یک نمونه از اکوسیستم هایی که تحت تأثیر گونه های مهاجم قرار می گیرند دریاچه ها هستند. گونه های مهاجم می توانند زیستگاه طبیعی یک دریاچه را تغییر دهند و هنگامی که چنین اتفاقی رخ می دهد به عنوان آلاینده های بیولوژیکی شناخته می شوند. هنگامی که گونه های غیر بومی وارد یک دریاچه می شوند، تقریباً غیر ممکن است که دریاچه از شر آنها خلاص شود.
اما گونه های مهاجم چگونه به یک اکوسیستم حمله می کنند؟ گیاهان و جانوران غیر بومی تقریباً همیشه به وسیله انسان ها به دریاچه وارد می شوند. افرادی که از آبراه ها استفاده می کنند ممکن است به شکل غیر عمد موجودات را از یک منطقه به یک منطقه دیگر انتقال دهند.
به عنوان مثال یک گیاه آبزی می تواند به قایق ها، لباس ها، حیوانات خانگی، تجهیزات و وسایل نقلیه بچسبد و منتقل شود. جانداران کوچکی مانند کک آبی خاردار نیز می تواند بر روی قایق پارویی سفر کند.

برخی از گونه ها نیز با کشتی های بزرگی که از یک کشور به کشور دیگر کالا می برند، حمل می شوند.
چنان که گفته شد گونه های مهاجم می توانند گیاهان و جانوران بومی را نابود کنند. برخی از گونه های مهاجم حتی به صنایع نیز آسیب می رسانند. به عنوان مثال نوعی صدف به نام صدف گورخر به سرعت چند برابر می شود و لوله ها را مسدود می کند. در نتیجه به ماشین آلات کارخانه های صنعتی که از آب استفاده می کنند و همچنین سدهای برق آبی صدمه وارد می کند. حتی کشتی ها، اسکله ها و شناورها نیز ممکن است به وسیله صدف گورخر مهاجم نابود شوند.
مردم هنگامی که از منطقه ای به منطقه دیگر می روند می توانند با بازرسی قایق هایشان جلوی انتقال گونه های بیگانه را به منطقه دیگر بگیرند.